连云港中医药高等职业技术学校创建于1958年,前身为连云港市卫生学校,位于国家4A级风景区花果山脚下,连云港市新浦区内,占地467.55亩,采用一次性规划设计、分期施工建设的方式,能容纳6000学生学习生活。1988年经江苏省人民政府批准更名为江苏省连云港中药学校,1996年成为全国中等中医药专业教育达标学校,2001年成为国家中医药管理局全国11所重点中等中医药学校之一。2004年3月,经江苏省教育厅批准,建立连云港中医药高等职业技术学校(同时增挂江苏联合职业技术学院连云港中医药分院)。2005年1月,被教育部认定为第二批国家级重点中等职业学校。